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CSV出力時に使うfputcsv関数の改行コードはOS に依存するので、Linuxサーバーでfputcsvを使うと改行コードがLFになる。

出力したCSVファイルをローカル（Windows）で開く時、ExcelやAccessではLFでも改行してくれるけど、
Windows標準のnotepadでは改行されない。（WindowsではCR+LF）

メモ帳にnotepad使わないから、すっかり改行コードについて見落としてた・・・・。
（一応ヘッダーには改行コードr\n"で入れてたのに）

fputcsv関数の改行コードについて、どうしたものかと調べていたら、
「九州男児Webプログラマの備忘録」様に掲載されていた方法で上手くいきました。

 $outputFile = 'data.csv';
$csv_data = array (
 array('aaa', 'bbb', 'ccc', 'dddd'),
 array('123', '456', '789') );

//fputcsvでCSVファイル書き込み
$fp = fopen($outputFile,'w');
foreach($csv_data as $line){
 fputcsv($fp,$line);
}
rewind($fp);
$buf = str_replace("\n", "\r\n", stream_get_contents($fp));
fclose($fp);
$fp = fopen($outputFile, 'w');
fwrite($fp, $buf);
fclose($fp);